Situado na zona histórica de Santa Clara, ocupa o edifício originalmente destinado para a igreja de Santa Engrácia, acolhendo os túmulos de grandes vultos da história portuguesa, como Luís Vaz de Camões, Sidónio Pais, Almeida Garrett, Humberto Delgado, Sophia de Mello Breyner Andresen, Amália Rodrigues ou Eusébio da Silva Ferreira.

Fundado na segunda metade do século XVI, o edifício foi totalmente reconstruído em finais de seiscentos com desenho do arquiteto João Antunes. O edifício permaneceu sem cobertura até ao início dos anos 60 do século XX, altura em que o regime do Estado Novo decidiu terminar o edifício e dar continuidade a uma lei de 1916, a qual determinara a adaptação do templo a Panteão Nacional. Entre 1964 e 1966, projetou-se uma dupla cúpula em betão, revestida de pedra lioz, restaurou-se o interior, rico em diversos tipos de pedra, e trasladaram-se os restos mortais das personalidades a homenagear. Foi inaugurado em 1966, por ocasião do quadragésimo aniversário do Estado Novo.

A fachada principal da igreja concilia exemplarmente a novidade do barroco italiano com a prática arquitetónica mais notável de Portugal. Na galilé, deparamo-nos com os três portais, animados por um trabalho decorativo de grande relevo, atribuída ao escultor francês Claude Laprade (1687-1740). No escudo nacional que encima o riquíssimo portal central, encontramos explícito o carácter nacional da igreja. Embora nunca chegasse a abrir ao culto, conserva, sob a cúpula moderna, o espaço majestoso da nave, animada pela decoração de mármores coloridos, característica da arquitetura barroca portuguesa. 

Elemento de referência no perfil da cidade e oferecendo uma vista privilegiada sobre a zona histórica de Lisboa e sobre o rio Tejo, está classificado como Monumento Nacional desde 1910.