Desde 27 de abril de 1974, data da libertação dos presos políticos, que a Fortaleza de Peniche se afirmou como símbolo da resistência e da luta pela liberdade. Por essa razão, decidiu-se preservar a integridade deste edificado histórico, militar e prisional através de um projeto de musealização.
O Conselho de Ministros, realizado na Fortaleza de Peniche a 6 de maio de 2017 pelo XXI Governo Constitucional, determinou a criação de um Museu Nacional neste local para preservar a memória de 48 anos de supressão das liberdades em Portugal e perpetuar uma reflexão essencial à construção do futuro.
A 7 de fevereiro de 2018, foi lançado o concurso público de arquitetura, incidindo a escolha final no projeto do Atelier AR4, sob a coordenação de João Barros Matos. O projeto de arquitetura assenta na preservação e valorização dos espaços e edifícios existentes, tendo em conta a sua importância como testemunho e memória. O antigo estabelecimento prisional organizava-se em núcleos separados e independentes, cada um constituído por blocos de celas e pátio. A adaptação do conjunto a museu prevê a reorganização e sobreposição de percursos de diferentes naturezas, que permitem relacionar os edifícios e os pátios do núcleo central e as plataformas circundantes. Entre estes, destaca-se o próprio percurso museológico através dos edifícios e pátios da antiga prisão política e o percurso de visita aos elementos da fortaleza do século XVI, como matriz de arquitetura militar do conjunto.
Em 25 de abril de 2019, a Fortaleza de Peniche – classificada como Monumento Nacional desde 1938 – foi palco da exposição Por Teu Livre Pensamento e da inauguração do Memorial aos Presos Políticos. Na exposição, resgataram-se momentos marcantes da história contemporânea a partir de documentos, fotografias e objetos que integrarão o acervo do futuro Museu. No Memorial, uma peça de grandes dimensões em aço corten, estão gravados os nomes dos cerca de 3 mil presos políticos que passaram pela Cadeia de Peniche.
O Museu Nacional Resistência e Liberdade – Fortaleza de Peniche foi inaugurado oficialmente no dia 27 de abril de 2024, exatamente 50 anos depois da libertação dos presos políticos do Forte de Peniche, quando os portões das várias prisões do Estado Novo se abriram depois de 48 anos de repressão e ditadura, afirmando-se como um espaço de memória histórica e símbolo da coragem dos milhares de portugueses que sacrificaram a liberdade e a vida na luta pela democracia.
De âmbito multidisciplinar, a criação do Museu Nacional Resistência e Liberdade veio posicionar Portugal no roteiro internacional dos chamados Museus de Memória, evocativos de lutas travadas em nome da liberdade e dos direitos humanos.
