Desde 27 de abril de 1974, data da libertação dos presos políticos, que a Fortaleza de Peniche se afirmou como símbolo da resistência e da luta pela liberdade. Por essa razão, decidiu-se preservar a integridade deste edificado histórico, militar e prisional através de um projeto de musealização.
O Conselho de Ministros, realizado na Fortaleza de Peniche a 6 de maio de 2017 pelo XXI Governo Constitucional, determinou a criação de um Museu Nacional neste local para preservar a memória de 48 anos de supressão das liberdades em Portugal e perpetuar uma reflexão essencial à construção do futuro.
A 7 de fevereiro de 2018, foi lançado o concurso público de arquitetura, incidindo a escolha final no projeto do Atelier AR4, sob a coordenação de João Barros Matos. O projeto de arquitetura assenta na preservação e valorização dos espaços e edifícios existentes, tendo em conta a sua importância como testemunho e memória. O antigo estabelecimento prisional organizava-se em núcleos separados e independentes, cada um constituído por blocos de celas e pátio. A adaptação do conjunto a museu prevê a reorganização e sobreposição de percursos de diferentes naturezas, que permitem relacionar os edifícios e os pátios do núcleo central e as plataformas circundantes. Entre estes, destaca-se o próprio percurso museológico através dos edifícios e pátios da antiga prisão política e o percurso de visita aos elementos da fortaleza do século XVI, como matriz de arquitetura militar do conjunto.
Em 25 de abril de 2019, a Fortaleza de Peniche – classificada como Monumento Nacional desde 1938 – foi palco da exposição Por Teu Livre Pensamento e da inauguração do Memorial aos Presos Políticos. Na exposição, resgataram-se momentos marcantes da história contemporânea a partir de documentos, fotografias e objetos que integrarão o acervo do futuro Museu. No Memorial, uma peça de grandes dimensões em aço corten, estão gravados os nomes dos cerca de 3 mil presos políticos que passaram pela Cadeia de Peniche.
De âmbito multidisciplinar, a criação do Museu Nacional Resistência e Liberdade vai posicionar Portugal no roteiro internacional dos chamados Museus de Memória, evocativos de lutas travadas em nome da liberdade e dos direitos humanos.
