Instituição centenária, o atual Museu Nacional de Arqueologia foi fundado em dezembro de 1893 por proposta de José Leite de Vasconcelos.
O Despacho-Régio, promulgado pelo rei D. Carlos, foi subscrito por dois ministros do governo de Hintze Ribeiro: João Chagas, ministro do Reino, e Bernardino Machado, ministro das Obras Públicas, Comércio e Indústria, patrono político da ideia. A relação de amizade e de colaboração entre Bernardino Machado e Leite de Vasconcelos é anterior à data da criação do Museu e vai manter-se até à morte deste último, em 1941.
Em mais de um século de existência, este Museu afirmou-se como a instituição de referência da arqueologia portuguesa, com correspondência regular com museus, universidades e centros de investigação em todo o mundo. O acervo do Museu reúne as coleções iniciais do fundador e de Estácio da Veiga. A estas, somaram-se numerosas outras, umas provenientes de outros departamentos do Estado (coleções de arqueologia da antiga Casa Real Portuguesa, incorporadas no Museu após a implantação da República; coleções de arqueologia do antigo Museu de Belas Artes), outras por doação ou legado de colecionadores e amigos do Museu (doações Bustorff Silva, Luís Bramão, Samuel Levy, etc.), outras mercê da intensa atividade de campo do próprio Museu ou de arqueólogos; outras ainda por despachos governamentais, ao abrigo da legislação aplicável, sempre que se considere o valor nacional de bens arqueológicos descobertos no país.
Concebido por Leite de Vasconcelos para ser uma espécie de Museu do Homem Português, o Museu Nacional de Arqueologia continua hoje com a mesma vocação: contar a história do povoamento do nosso território, desde as origens até à Idade Média, lato sensu, muito embora as suas coleções possuam bens culturais e documentos que cronologicamente vêm até ao século XX. É a única instituição em Portugal capaz de o fazer, pelas coleções de que dispõe, pelos recursos técnicos que possui, pelo próprio espaço que ocupa no Mosteiro dos Jerónimos, verdadeiro centro de confluência de visitantes nacionais e estrangeiros.
