O Museu Nacional da Música possui uma das mais ricas coleções europeias de instrumentos musicais do século XVI ao XXI, representativos de diversas práticas musicais, alguns deles classificados como “tesouros nacionais”.
Com cerca de quinhentas peças em exposição, o Museu Nacional da Música alberga ainda nas suas reservas um acervo de mais de um milhar de instrumentos musicais, bem como ferramentas de construção de instrumentos, equipamentos áudio, acessórios diversos, partituras, fonogramas, iconografia e documentação variada.
Pela sua raridade e importância, alguns dos instrumentos musicais da sua coleção encontram-se classificados como "tesouros nacionais". Destacam-se o cravo de Joaquim José Antunes, datado de 1758, o cravo de Pascal Taskin, construído em 1782 para a corte de Luís XVI de França, o piano Boisselot & Fils, que o virtuoso Franz Liszt trouxe para Lisboa durante a sua digressão ibérica de 1844-1845, ou o violoncelo stradivarius, datado de 1725, que pertenceu ao rei D. Luís.
A ideia de um museu de música aberto ao público tornou-se realidade em 1905, quando a coleção de instrumentos musicais de Alfredo Keil, compositor do hino nacional A Portuguesa, passou a ser visitável. À época, o projeto de criação de um museu de instrumentos musicais foi energicamente impulsionado pelo musicólogo Michel’angelo Lambertini, que promoveu a recolha de espécimes raros de diversas proveniências. Com apoio do melómano António Augusto de Carvalho Monteiro, o "Monteiro dos Milhões", este trabalho culminou em 1916 na criação do Museu Instrumental de Lisboa, onde Lambertini pôde juntar a sua própria coleção à de Alfredo Keil. Mais tarde, este legado é em grande parte incorporado no Museu Instrumental do Conservatório Nacional. Na década de 1970, por falta de espaço, o Museu Instrumental é obrigado a abandonar o Conservatório, e inicia-se uma fase atribulada na qual o seu acervo seria instalado, sucessivamente, no Palácio Pimenta, na Biblioteca Nacional e no Palácio-Convento de Mafra. Numa iniciativa conjunta de Lisboa 94 — Capital Europeia da Cultura, do Metropolitano de Lisboa e do Instituto Português de Museus, seria assinado um protocolo para o acolhimento temporário da coleção na estação de metro do Alto dos Moinhos, onde permaneceu até à inauguração das novas instalações no Real Edifício de Mafra, em 2025. Pelo meio, e até aos dias de hoje, a coleção continua a crescer graças à aquisição e à doação de testemunhos extraordinários da história da música em Portugal e no mundo.
