Inaugurado em 1948, o Museu de Arte Popular nasceu da reformulação do antigo pavilhão da Secção da Vida Popular criado para a Exposição do Mundo Português de 1940, com projeto da autoria dos arquitetos António Reis Camelo e João Simões. 

Para a sua inauguração, o anterior edifício foi adaptado a museu com projeto do arquiteto Jorge Segurado, a partir de programa definido pelo etnógrafo Francisco Martins Lage e pelo artista Tomás de Mello, conjugando elementos decorativos de gosto modernista com outros extraídos de uma estética tradicional.

No processo de criação do Museu de Arte Popular, o projeto contou igualmente com a colaboração de uma extensa equipa de decoradores-pintores, incluindo Carlos Botelho, Eduardo Anahory, Estrela Faria, Manuel Lapa ou Paulo Ferreira. Neste contexto, o museu apresenta um significativo conjunto de composições murais, caracterizando as diversas regiões do país. Esta valia patrimonial do edifício fundamentou a sua classificação como Monumento de Interesse Público em 2012.

O seu acervo surge na sequência de várias exposições que contribuíram para a organização de coleções, completadas mais tarde por aquisições e doações. É constituído por objetos de cerâmica, ourivesaria popular, instrumentos musicais, cestaria, têxteis, trajos e bordados, alfaias agrícolas e miniaturas de barcos e carros de tração animal.

Em 2000, a exposição permanente do museu foi encerrada, para profundas obras de requalificação do edifício e, em 2006, após o anúncio de extinção do Museu de Arte Popular, o seu espólio foi transferido para o Museu Nacional de Etnologia. A ligação entre estas duas instituições é um projeto que já tinha sido equacionado nas últimas quatro décadas, mas que só em 2016 se concretizou plenamente, com a atividade do Museu de Arte Popular, circunscrita a exposições temporárias, vinculada à missão e programa do Museu Nacional de Etnologia.